Wie funktioniert Next Generation Sequencing?
Next Generation Sequencing ist eine Methode um die genaue Abfolge der Basen in der DNA zu ermitteln. Dadurch können Abweichungen zu normaler DNA (Mutationen) festgestellt werden. Anhand der gefundenen Veränderungen auf DNA- und Protein-Ebene können Rückschlüsse auf die Wirksamkeit von Medikamenten gezogen werden.
Warum NGS?
Die Vorteile des NGS sind immens. Eine sichere Diagnose liegt deutlich schneller vor – oft ist das eine große Entlastung für die betroffenen Patienten und deren Familie. In bestimmten Fällen kann somit auch schneller mit der gezielten, manchmal lebenswichtigen, Therapie begonnen werden.
Was ist ein Read NGS?
Als Read wird eine zum DNA-Fragment komplementäre Basensequenz bezeichnet. Für das menschliche Genom muss die Coverage über 30 liegen, was derzeit (2020) durch die Illumina- und SOLiD-Sequenzierung gewährleistet ist.
Was ist eine Panel Sequenzierung?
DNA Panel Sequenzierung Dabei wird die Abfolge der DNA Bausteine, der Basen, von aktuell 130 Genen (Tabelle) ausgelesen. Das gleichzeitige Abfragen zahlreicher Gene erlaubt dabei eine effizientere und umfassendere Untersuchung als die Prüfung auf Mutationen mittels traditioneller Methoden wie Sanger-Sequenzierung.
Was ist ein Gen Panel?
In einem Gen-Panel werden unter Anwendung der NGS-Methode mehrere Gene, die mit einem bestimmten Krankheitsbild assoziiert sind, gleichzeitig sequenziert. Dabei ergeben sich teilweise riesige Datenmengen, die unter Zuhilfenahme der Bioinformatik prozessiert werden.
Wie funktioniert Illumina?
Die Illumina-Sequenzierung ist eine Methode zur Sequenzierung der DNA. Sie wurde vom Hersteller Illumina entwickelt und zählt zum Next Generation Sequencing. Die DNA wird bei diesem Ansatz fragmentiert auf einer Platte aufgetragen und über eine Brücken-PCR vervielfältigt.
How is amplicon sequencing used in data analysis?
Amplicon Sequencing (AmpSeq): Concept and data analysis. Amplicon Sequencing (AmpSeq) technology combines highly multiplexed PCR sequences of multiple barcoded samples in a single reaction. Amplicons include SNP, haplotypes, SSRs and presence/absence variants. Currently, in a single reaction about 400 amplicons and 3000 samples can be processed
Which is the target sequence of an amplicon?
An amplicon sequence template that has been prepared for amplification. The target sequence to be amplified is colored green. In molecular biology, an amplicon is a piece of DNA or RNA that is the source and/or product of amplification or replication events.
How are amplicons generated in NGS based sequencing?
In NGS amplicon sequencing, amplicons are generated by PCR, pooled and subsequently sequenced. Since NGS-based targeted sequencing results in very high coverage of a specific region of interest, amplicon sequencing can detect variants at very low levels and frequencies.
How long does it take to sequence an amplicon library?
Amplicon sequencing allows researchers to sequence targets ranging from a few to hundreds of genes in a single run. This ultra-high multiplexed PCR approach expedites research by assessing multiple genes simultaneously. Libraries can be prepared in as little as 5–7.5 hours and sequenced in 17–32 hours.