Wie verändert die Konzentration von Agarose im Gel die Auftrennung der DNA-Fragmente?
DNA lässt sich in einer geeigneten Gelmatrix (Agarose) durch Anlegen einer Spannung umgekehrt proportional zum Logarithmus ihres Molekulargewichtes auftrennen. Die Agarose-Gelelektrophorese ist eine Methode zur Auftrennung von DNA. Die DNA-Fragmente werden nach ihrer Größe in der Gelmatrix getrennt.
Wieso wandern DNA-Fragmente bei der Agarose Gelelektrophorese im elektrischen Feld zur Anode?
DNA lässt sich auf Agarose-Gelen elektrophoretisch auftrennen. Bei entsprechendem pH-Wert liegen die Phosphatgruppen der Nukleotide dissoziiert vor (negative Ladung). Dementsprechend wandern die Nukleinsäuren im elektrischen Feld zur Anode.
Was ist eine DNA-Leiter?
Die DNA, die nach ihrer Größe aufzutrennen ist. Eine DNA-Leiter, eine Mischung verschiedener DNA-Stränge bekannter Länge, mit der die DNA-Probe verglichen werden kann, um deren Größe zu bestimmen. DNA-Leitern sind kommerziell erhältlich.
Wie funktioniert die DNA-Färbung bei UV-Licht?
Die DNA-Färbung erfolgt mit Ethidiumbromid ( EtBr ), welches aufgrund seiner planaren Struktur zwischen den Basen der DNA interkaliert. Bei Bestrahlung mit UV-Licht fluoresziert Ethidiumbromid im sichbaren Bereich rosa bis lila, so daß die aufgetrennte DNA bei Auflage des gefärbten Gels unter eine UV-Lampe als rosa bis lila Banden sichtbar wird.
Warum ist DNA ungünstig für unser Auge?
Größere Moleküle werden durch die Poren der Netzstruktur abgebremst und wandern dadurch langsamer im elektrischen Feld als kleinere Moleküle. DNA trägt eine negative Ladung. DNA hat die ungünstige Eigenschaft, dass sie für unser Auge nicht zu erkennen ist.
Wie kann man eine DNA-Menge in einem Gel sichtbar machen?
Durch Anfärben mit Ethidiumbromid kann eine DNA-Menge von 5 ng in einem Gel noch sichtbar gemacht werden. Während sich bei der Ethidiumbromid-Färbung im Gelbild weiße Banden auf schwarzem Grund zeigen, sind bei der Färbung mit dem blauen Farbstoff Azu-B-chlorid, der alternativ verwendet wird, im Gelbild schwarze Banden auf hellem Grund zu sehen.